Het Zuiderzeemuseum richt zich op kunst, cultuur en erfgoed rondom het voormalige Zuiderzeegebied en het huidige en toekomstige IJsselmeergebied. Gemeenschappen, ambachten en water staan centraal in de presentaties in het buitenmuseum en tijdelijke tentoonstellingen in het binnenmuseum.
Het Zuiderzeemuseum bestaat uit een buitenmuseum en een binnenmuseum. In het buitenmuseum staan authentieke panden uit het voormalige Zuiderzeegebied, zoals een kerk, een school, een visrokerij en woonhuizen uit de omliggende vissersdorpen. In het binnenmuseum zijn tijdelijke tentoonstellingen.